ആലപ്പുഴ ജില്ലയിലെ കുട്ടനാട് താലൂക്കിൽ പുളിങ്കുന്ന് മങ്കൊമ്പ് എന്ന സ്ഥലത്താണ് എം എസ് സ്വാമിനാഥന്റെ തറവാട്.വീട്ടിലെ നാലു മക്കളിൽ രണ്ടാമത്തെയാളായാണ് സ്വാമിനാഥന്റെ ജനനം.അമ്പലപ്പുഴ രാജാവിൻറെ ക്ഷണം സ്വീകരിച്ച് തഞ്ചാവൂർ കൊട്ടാരത്തിൽ നിന്നുമെത്തിയ പണ്ഡിതശ്രേഷ്ഠനായ വെങ്കിടാചലയ്യരുടെ പിൻതലമുറക്കാരാണ് സ്വാമിനാഥന്റെ കുടുംബം . മദ്രാസ് മെഡിക്കൽ കോളജിൽ നിന്നും വൈദ്യശാസ്ത്രത്തിൽ ബിരുദം നേടിയ പിതാവ് ആതുരസേവനത്തിനായി തിരഞ്ഞെടുത്തത് തമിഴ്നാട്ടിലെ കുംഭകോണമായിരുന്നു. സ്വാമിനാഥൻറെ പ്രാഥമിക വിദ്യാഭ്യാസവും ഇവിടെത്തന്നെ. എല്ലാവർഷവും വേനലവധിക്കാലം മുത്തച്ഛനായ കൃഷ്ണയ്യരുടെ മങ്കൊമ്പിലുള്ള കൊട്ടാരം വീട്ടിൽ എത്തുമായിരുന്നു സ്വാമിനാഥൻ ഹരിതവിപ്ലവത്തിൻറെ പിതാവെന്ന നിലയിലേക്ക് വളർന്ന എം.എസ്.സ്വാമിനാഥനിലെ കാർഷിക ശാസ്ത്രജ്ഞനെ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ കുടുംബത്തോടൊപ്പം ഈ നാടും വലിയ പങ്കു വഹിച്ചിട്ടുണ്ട്.